Jika Anda berjalan-jalan di Kraton, Anda tentunya tidak akan melewatkan Istana Air atau yang lebih dikenal dengan Taman Sari, kurang dari 1 km barat Kraton. Istana ini dibangun tahun 1758 oleh Sultan Hamengkubuwono I sebagai  rumah peristirahatan bagi keluarga kerajaan. Tamansari berarti taman yang indah. Istana ini rusak parah akibat gempa bumi pada tahun 1867. Beberapa bagian dari istana ini, misalnya kolam mandi "Umbul Binangun" telah dipulihkan.

Setelah melihat reruntuhan Taman Sari, beberapa ahli budaya mengatakan bahwa bangunan ini memiliki multi fungsi, seperti:

• Rumah peristirahatan, dalam bentuk istana air dengan taman yang indah. Udaranya segar karena:

       Danau dan kanal buatan
       Kolam pemandian
       Kebun luas dengan berbagai jenis pohon

• Sebuah tempat untuk olahraga dan hiburan

      Berperahu dan berenang
      Berburu rusa
      Tarian klasik Bedoyo dan Srimpi
      Musik Gamelan

• Tempat untuk meditasi

• Bangunan penting dan tempat perlindungan sultan. Bangunan ini sangat dilidungi dan memiliki 2 ruangan pertahanan dengan 12 dan 6 meriam.

Istana ini sendiri dibagi menjadi dua kompleks, yaitu:

1. Umbul Binangun – Kompleks kolam pemandian
Merupakan kolam pemandian bagi Sultan, para istri beliau, serta para putri-putri beliau. Kompleks ini dikelilingi oleh tembok yang tinggi dan disini terdapat tiga menara kisah, dengan kamar tidur Sultan berdiri di sebelah selatan kolam pemandian dan kolam pemandian pribadi Sultan berada di balik menara. Di suatu tempat di bagian selatan istana, ada tempat khusus, yang diyakini sebagai tempat pertemuan Sultan dengan penguasa Laut Selatan, Kanjeng Ratu Kidul.

2. Pulo Kenongo           
Istana Pulau Kenongo ditemukan di tengah Segaran Taman Sari. (danau buatan Taman Sari yang dihubungkan oleh saluran air ke danau buatan lainnya di dekat kraton) Kenongo adalah nama bunga yang ditanam di halaman depan yang wanginya menyebar keseluruh istana. Sama seperti di istana, di sini terdapat ruang keluarga, kamar tidur, ruang untuk membuat Batik, sebuah aula untuk melakukan tarian sakral klasik Bedoyo dan Srimpi, gerbang dan ruang jaga dijaga para prajurit istana.